戦国時代を舞台にした物語であり、井戸により現代と戦国時代を行き来する少女、日暮かごめが人間と妖怪の半妖の少年犬夜叉がひょんなことから協力し四魂のかけらを集める旅をします。かごめは犬夜叉と恋仲であった巫女でたる桔梗の生まれ変わりであり、最初は犬夜叉と反発しあっていましたが旅をするうちに互いに惹かれ合う存在になっていきますが、そこに復活した桔梗があらわれて三角関係になります。しかし単純な三角関係ではなく、憎しみや悲しみ、そして生まれ変わりといった葛藤など様々な要素も盛り込んでいる恋愛内容です。
それ以外にも異母兄である殺生丸との因縁や最大の敵である奈落との戦いなど、戦国時代を旅していく中で様々な人間ドラや恋愛などが繰り広げられ考えさせられるストーリーとなっています。