Dr.STONEの舞台とはるのは、全人類が謎の石化で滅んだ3000年後の地球です。天才科学少年である千空は何故か石化から目覚め、科学知識をフル活用して何もないゼロの状況から文明を復活させていき科学王国を創ることを決意します。
科学文明が滅んでしまった後の何もない石器時代に電気やスマートフォン、自転車など現代ならではの様々なアイテムを作り出していくのはあり得ないとも言えますが、それゆえに子供からの人気も高く子供が理科に興味を持ったり好きになる要因にもなったとして、親世代からも人気になりました。
科学のパワーを持ってして、人類が石化した理由の謎を解いていき科学文明を取り戻していくことができるのかが、このアニメの醍醐味です。テンポも良いストーリーなので、理科に興味がなくても飽きることなく楽しむことができ引き込まれていきます。