主人公であるサイタマは元々はパッとしない普通かそれ以下の男性であり、就活で面接に落とされた帰り道にカニの怪人と遭遇し、そこからストーリーは始まっていきます。
暴れ回るカニ怪人を見ても面接に落ちて無気力だったサイタマはその場を去ろうとします。しかし怪人が少年を見つけて襲おうとした時に、咄嗟の行動でサイタマが少年を守ろうとして怪人に立ち向かい、少年を守るために血だらけになりながら怪人と戦うことになります。そんな時に幼い頃に自分はヒーローになりたかったんだと思い出し、サイタマはなんとか怪人に勝つことができました。
この出来事から、サイタマは幼い頃に憧れていたヒーローになることをきめ、猛烈な特訓を始めます。
三年間過酷な特訓を重ね、一撃で敵を倒すという圧倒的な力を手にしました。しかしそれと引き換えに髪の毛は失ってしまい、ハゲてしまいます。
強くなりすぎて簡単に怪人に勝ててしまい、心が満たされない無気力な毎日を送っていましたがヒーローになる思いは変わらず、とりあえず趣味でヒーロー活動をし怪人を次々と倒していくという流れです。