からくりサーカスのアニメは原作と比べるとかなりマイルドに仕上がっている

原作は主人公に対するクラスメイトのいじめが集団リンチに近かった

原作では、主人公が通う学校のクラスメイトは主人公である勝に対し、靴を隠すなどのほか、画びょうを置くなどをしていて集団で主人公をリンチするような描写が多くありました。ですが、アニメ版は主人公がどのようないじめを受けたか、体中に傷が残るほどのいじめを受けたというような事実が認識できるような様子はなく、さらっと主人公がいじめをする人物たちを笑い飛ばすことで何もなかったことになっています。
原作は主人公がいじめに加担したクラスメイトを笑い飛ばすことでさらにいじめが過激化して主人公を切り殺そうとするなど結構ハードな展開になるんですが、それらの描写はアニメ版はカットです。

主人公の人間的成長をカット

原作では主人公である勝は黒賀村にて、修行により戦うことの意味のほか、人間的成長を遂げていき急激に強くなるという描写がありますが、アニメでは丸まるカットされていて、アニメでは主人公は急激に強くなっていて何が彼をここまで変えたか？という描写は一切ないです。