突如として地球上の人類が石化してしまうという大災害が発生するのがこのDr.STONEという作品の始まりです。
そこから3700年という長い年月が経過した時に膨大な科学の知識を持つ高校生の石神千空は石化から回復することになります。
石神千空が石化から回復した世界はすべての人類が石化してしまって3700年もの年月が経過しており世界は滅亡していました。
ですが、そんな状況でも石神千空は絶望してしまうことなく自身が持つ科学の力でこの状況を打破していこうとします。
そして、石神千空は人類が石化してしまった状況と自分の石化が解けた状況から実験を繰り返して人類をなんとか石化から元に戻せないか思考錯誤していくことになります。そして、ついに石化してしまった親友の大木大樹の石化を解くことに成功します。
そしてさらに苦労しながらもなんとか石化してしまった人間を元に戻す薬を作り出すことに成功してさらに石化した人間を元に戻そうとするのでした。
